科研项目立项程序主要包括形式审查、专家评估、部门（处室）建议、行政决策等。

形式审查。对申报单位和项目负责人是否具有良好的信用、是否符合指南的基本要求、相关佐证材料及附件是否齐全、规范等进行形式审查，对不符合形式审查要求的项目将提醒申报单位和项目申请人及时修正。通过形式审查的项目，进入专家评估。

专家评估。对项目承担单位及项目研发团队的研发能力和研发投入、项目实施方案是否符合目标要求、是否具备相应的创新条件和能力、项目应用及发展前景，经费预算是否合理、技术路线是否切实可行等进行评价打分。对申报重大科技创新攻关、自创区（一区一廊）专项项目的，部门（处室）可根据需要组织现场考察评估或答辩。

部门（处室）建议。根据专家评估推荐建议，结合科研项目申报单位和项目负责人的综合实力，提出推荐立项及经费安排建议。

行政决策。市科学技术局党委会、局务会对拟立项项目进行审议，作出项目立项决策。

第十七条  市科学技术局作出立项决策后，通过温州市科学技术局门户网站向社会进行公示，公示时间5天。对公示有异议的项目，由市科学技术局机关纪委牵头核实有关情况并提出调查处理意见。根据公示结果，确定立项项目并由市科学技术局下达立项文件。

第十八条  对部分核心关键技术攻关采用“揭榜”的方式组织实施，支持温州市域内的企业与国内外的高校院所、企业、创新人才和科研团队合作开展科研攻关。 “揭榜”实施方案由市科学技术局、市财政局另行制定。

第十九条  特别重大或紧急的项目，参照《关于拓宽科技项目发现渠道 建立绿色立项机制的试行意见》（浙科办发〔2017〕2号）的文件精神，可通过“绿色立项”、“一事一议”方式组织实施。

第四章  项目实施和管理

第二十条  市级科研项目实行合同制管理。项目立项后，应在规定的时间内由市科学技术局（甲方)，项目承担单位(乙方)、归口管理部门(丙方)共同签订项目合同书（或任务书，统称合同书，下同），项目合同书要明确各方的权利和义务。项目合同书的相关条款原则上应与项目申请书的各项指标及可行性报告内容一致，不得以补助经费未达到申请经费数额为由更改项目合同书内容，但根据评估专家建议，在项目承担单位认可的情况下，遵循技术指标调高不调低的原则，可对部分指标进行补充。项目承担单位逾期不签订项目合同书的，视为放弃该项目的立项，由市科学技术局按程序对项目予以撤销。